“Υπάρχει μια αρμονία, μια ισορροπία στο Σύμπαν. Το Φως χρειάζεται το Σκοτάδι. Το Σκοτάδι χρειάζεται το Φως. Αν καταστρέψεις το ένα από τα δυο, τότε… Δεν θα ήταν καλό αυτό. Μιλάμε, θα ήταν ‘τέλος της πραγματικότητας’ κακό.” – Θεός, 11×22 We Happy Few
Σύμφωνα με τον Θεό Chuck, υπήρχε από την αρχή των πάντων μια Κοσμική Ισορροπία στο Σύμπαν, όπου το φως χρειάζεται το σκοτάδι και το αντίστροφο. Αν ένα από αυτά αφαιρεθεί, τότε τα πάντα θα σταματήσουν να υπάρχουν. Η ενσάρκωση του Φωτός είναι ο Θεός και η ενσάρκωση του Σκότους είναι η Amara. Ο Θεός είναι η Δημιουργία και η Amara είναι η Καταστροφή. Η αναφορά στην Κοσμική Ισορροπία γίνεται για πρώτη φορά από την Ροβίνα και την Τσάρλυ στο επεισόδιο 10×21 Dark Dynasty.
Όταν ο Θεός και οι Αρχάγγελοι νίκησαν την Amara, ο Θεός αποφάσισε να την φυλακίσει κι όχι να την σκοτώσει, για να εξασφαλίσει την Ισορροπία του Σύμπαντος. Έτσι, ξεκίνησε η Κοσμογονία. Για να κρατήσει φυλακισμένο το Σκοτάδι, ο Θεός δημιούργησε ένα Σημάδι που θα λειτουργούσε σαν κλειδωνιά στο αιώνιο κελί της.
Όταν το Σκοτάδι απελευθερώθηκε, η Amara θέλησε να πάρει εκδίκηση από το Θεό, καταστρέφοντας όλα όσα Αυτός είχε δημιουργήσει. Αυτό ώθησε τον Θεό να εμπλακεί, για πρώτη φορά μετά από χιλιετίες, για να εμποδίσει την Amara από το να τα κάνει όλα σκόνη και θρύψαλα. Η επίθεση του Θεού ενάντια στην Amara απέτυχε, όμως, αν και αποδυναμωμένη, η Amara επιτίθεται και τραυματίζει τον αδερφό της, αφήνοντάς τον ένα βήμα πριν τον θάνατο (11×22).
Με τον Θεό ετοιμοθάνατο, ο Ήλιος αρχίζει να εξασθενεί. Όταν σβήσει ο Ήλιος, όλα θα πεθάνουν – το Σύμπαν θα καταστραφεί και μαζί με αυτό και η ίδια η Amara, αφού το σκοτάδι δεν μπορεί να υπάρξει χωρίς το φως. Σε μια αποστολή αυτοκτονίας, ο Dean αναλαμβάνει να σκοτώσει την Amara, για να εξασφαλίσει την Κοσμική Ισορροπία μετά τον επικείμενο θάνατο του Θεού. Πριν όμως ενεργοποιήσει τη βόμβα ψυχών, ο Dean αποφασίζει να της μιλήσει και την πείθει να βάλει στην άκρη το θυμό και το μίσος της. Τα δυο αρχέγονα πλάσματα συμφιλιώνονται, η Amara θεραπεύει τον Θεό, και η ισορροπία του σύμπαντος επανέρχεται (11×23).
Στον τελευταίο κύκλο της σειράς, ο Τζακ ακολουθεί το σχέδιο της Billie να σκοτώσει τον Θεό. Σύμφωνα με θεωρίες του Σαμ και του Κάστιελ αλλά όπως ομολογεί και ο Ντην, αν σκοτωθούν και ο Τσακ και η Αμάρα, τότε μια νέα ισορροπία θα δημιουργούνταν και τα εναλλακτικά σύμπαντα δεν θα καταστρέφονταν. (15×13 Destiny’s Child)
Η ιδέα πίσω από την Κοσμική Ισορροπία πηγάζει από την κινέζικη φιλοσοφία, το Γιν-Γιανγκ (陰陽) που περιγράφει πως φαινομενικά αντίθετες δυνάμεις μπορούν να αλληλοσυμπληρώνονται και να είναι αλληλεξαρτώμενες στον φυσικό κόσμο και πως το ένα μπορεί να δημιουργήσει το άλλο, χάρη στη μεταξύ τους αλληλοσύνδεση. Το Γιν-Γιανγκ αναπαρίσταται φυσικά από διάφορες δυαδικότητες, όπως φως και σκότος, φωτιά και νερό κ.α.
Το Γιν και το Γιανγκ θεωρούνται συμπληρωματικές (κι όχι αντιτιθέμενες) δυνάμεις που αλληλεπιδρούν για να σχηματίσουν ένα δυναμικό σύστημα, στο οποίο η ολότητα είναι σπουδαιότερη των επιμέρους κομματιών. Όλα έχουν στοιχεία του Γιν και του Γιανγκ – για παράδειγμα, η σκιά δεν μπορεί να υπάρξει χωρίς φως. Το σύμβολο του Γιν-Γιανγκ (γνωστό ως taijitu) δείχνει την ισορροπία μεταξύ των δύο αντίθετων με το κάθε μέρος να έχει ένα κομμάτι του αντίθετου στοιχείου (δηλ. το άσπρο κομμάτι έχει στοιχείο από το μαύρο και αντιστρόφως). [πηγή]